嵊泗陆地面积小，山低源短，淡水资源贫乏，多年平均水资源总量为1773.26万立方米。全县平均单位面积水资源量26.1万立方米/平方千米，仅为全省平均单位面积水资源量92.1万立方米/平方千米的28.3%。按2000年全县总人口数计算，人均拥有水资源量208.62立方米，为全国人均拥有量2749立方米的7.6%和全省人均拥有量2415立方米的8.6%。

地表水

嵊泗特定的海岛自然地理条件决定了水资源只能来源于降水。据1961～2000年降雨实测资料统计分析，降水量最大值是1997年，年降水量1534.6毫米，最小值是1967年，年降水量601.8毫米，最大与最小比值为2.55∶1。多年平均降水量1035.61毫米，除耗于蒸发外，形成的地表径流量即地表水资源量为1773.26万立方米。保证率为20%时，降水量1211.45毫米，地表水资源量2980.02万立方米，保证率为50%时，降水量1033.5毫米，地表水资源量1757.41万立方米，保证率为90%时，降水量734.32毫米，地表水资源量897.02万立方米。地表径流年内分配与年降水分配基本一致，多年平均4～9月份径流量占年径流量的60%～70%，10月至次年3月只占30%～40%。

地下水

全县浅层地下水资源总量为654.44万立方米。地下水类型受境内地质、地貌等因素影响，主要可分为松散岩类孔隙水和基岩裂隙水两大类，其分布及含水层构造分述如下：

潜水，全新统冲积砂砾含粘性土含水层，分布在泗礁岛的菜园、马关沟谷中，岩性为黄褐色矿砾石及亚矿土砂砾石，结构松散，厚度2.6米～5.15米，水位埋深1.15米～4.14米，民井旱季单井可采水量2吨/日～8吨/日。水质淡，矿化度为0.19克/升～0.5克/升，铁含量为56.8毫克/升～198.4毫克/升。下游地段此含水层为淤泥质亚粘土所覆盖，由孔隙潜水过渡为承压水。

全新统滨组上段海积粉细砂含水层，分布在基湖、石柱、田岙、大黄沙以及黄龙岛南港、枸杞岛三大王、嵊山、大洋等地。以基湖、石柱为富水区，含水层分布面积约2.2平方千米，上游薄，海边厚（5米～10米）。岩性主要有粉细砂，下部含少量的砾石。按降深5米计算，单井出水量一般大于300吨/日，水质为含碳酸氢钠钙型，矿化度0.3克/升。马关等地为砾石滩，其余地段含水层分布面积有限，局部于海边，呈新月型沙堤或砂砾堤，并经常受海潮的影响。

上更新统坡洪积亚砂砾含水层，呈片状分布于大小山沟及山麓地带。岩性以亚砂土碎砾石为主，厚度1.87米～17.20米，水位埋深1.9米～+0.6米（高出地面）。单井日出水量小于100吨/日，水质淡，矿化度0.1克/升～0.5克/升。

承压水，含水岩组为更新统坡洪积亚砂土碎砾石，含水层为更新统坡洪积层孔隙潜水向下的延伸部分，分布在菜园、基湖等地。水位埋深13米～24米，单井出水量11吨/日～40吨/日，水质含碳酸氢钠或碳酸氢钙，矿化度0.25克/升～0.37克/升，铁离子含量偏高。

构造裂隙水，含水岩组为上株罗统（J3）火山岩、火山熔岩为主的块状地层组成。地下水贮存于构造裂隙带及侵入岩、脉岩与围岩接触带。水量不大，生产井出水量一般小于50吨/日（按降深10米计算）。

风化带网状裂隙水，贮存于燕山晚期花岗岩风化带网状裂隙中。风化带厚度4米～20米，最厚可达55米～81米。水位埋深0.47米～12.2米，按降深10米计算，单孔（井）出水量2吨/日～800吨/日，水质为低矿化度（ <0.5克/升）软水。