嵊泗列岛蕴藏有大量的花岗石、海砂、粘土、石油天然气、海卤及长江古河道地下水资源。

花岗石　石质坚硬，色泽斑烂，结晶颗粒较粗，成块状构造，含有钾长石、斜长石、石英及少量的云母、铁、锡石、钻石、黑云母等成分。主要分布在小洋、大洋、花鸟、枸杞、嵊山、黄龙等岛，以洋山和黄龙最佳最富，大洋岛大梅山花岗石储量2亿立方米。成规模的开采区有大、小洋山、北鼎星以及小黄龙、沈家湾等，储量均在300万立方米以上。

黄砂　岛内海砂资源丰富，拥有大小沙滩、沙丘几十处，沙质坚硬洁净，颜色以金黄色为主，黑色次之，大多属中颗粗粒状。主要分布在泗礁岛、枸杞岛、嵊山岛、花鸟岛，仅泗礁基湖沙滩、高场湾沙滩、南长涂沙滩就有9平方千米，各岛周围海域也有海砂资源储存，马迹山南侧海区有20平方千米的中沙砂矿资源。还有大量的花岗岩风化石资源可加工成人造砂。

海卤资源　嵊泗海域海水年平均浓度稳定在1.72波美度，盐业生产有良好的自然条件，在大洋里、外云鹅岙建有盐田58公顷，年产盐3000吨左右。

石油、天然气　绿华以东至壁下海域，蕴藏着丰富的油气资源。

地下水　泗礁岛金鸡山至浪岗海域一带，有一条淡水储量极为丰富的海底长江古河道。