与丰富的嵊泗港口岸线资源相适应的航道资源也十分丰富，全县海区在5座灯塔（花鸟、白节、半洋礁、大戢山、唐脑山灯塔）和26座灯桩的导航下，形成航道网络，其中有国际航道和38条县境水道。
　　（一）国际航道：从外海进入我国长江口、上海港，需经本县北部海域（花鸟山北侧约10海里左右）。该航道水域宽滋长，水深大于20米，是国际大型船舶从东海进入长江口和上海港必经之路。花鸟山西北嘴头设有大型灯塔，灯光射程24海里，与长江口灯船相呼应。是该航道的主要导航目标。
　　县境西部白节峡，位于白节山与川湖列岛之间，是上海港通过往我国南方诸港的主要航道。该航道较宽且水深，宽约1.9海里，长约2.3海里，水深14-54米，对外轮开放。有3条航路：一是从上海港到南支灯船，再偏向西南，经该县洋山西侧到宁波港。在大洋山西侧有唐脑山灯塔以资助航；二是从上海港到南支灯船，向南经本县徐公岛与大洋山之间至岱山水道，县境西关有大戢山灯塔以资助航，岱山县大巨西侧瘌头屿灯桩与之呼应；三是从上海港至南方沿海省市诸港口。航船经南支灯船向东南进入本县境内，经白节峡至小板门，该航道在本县境大戢山灯塔、半洋礁灯塔和白节山灯塔以资助航。国际航船一般也由此航道通行。
　　（二）县境水道：县境内岛际间共有水道38条，其中东部马鞍列岛附近19条，中部泗礁山附近9条，西部崎岖列岛附近10条。
　　另外，嵊泗县境内有大小锚地27个。其中绿华山锚地为万吨锚地；3000吨级地有5个；1000吨级左右锚地有10个；500吨级及以下锚地有11个。
　　所有上述航道为船舶海上安全和繁荣嵊泗海运起着重要作用。