负责渔业资源、水生野生动植物、水产种质资源的保护管理工作。组织开展保护区内禁渔区和禁渔期的设定、资源与环境监测评估、捕捞总量控制、配额管理等工作。指导“三场一通道”建设，组织实施渔业资源增殖放流，指导人工鱼礁、海洋牧场建设工作。负责渔业经济运行情况统计和分析评估等工作。负责海洋特别保护区建设工作。负责拟订并监督实施保护区建设规划，审核海洋特别保护区管理制度和功能区划。组织建设海洋特别保护区管护、监测、科研等设施。组织实施和统筹协调海洋特别保护区保护、利用和权益维护的各项活动。