负责渔业资源、水生野生动植物、水产种质资源的保护管理工作。组织涉渔工程环境影响评价和生态补偿工作。组织和监督渔业污染事故调查处理。组织开展渔场区划、资源与环境监测评估、捕捞总量控制、配额管理等工作。指导“三场一通道”建设，组织实施渔业资源增殖放流、人工鱼礁建设工作。负责渔业经济运行情况统计和分析评估等工作。负责海洋特别保护区建设工作。负责拟订并监督实施保护区建设规划，审核海洋特别保护区管理制度和功能区划。组织建设海洋特别保护区管护、监测、科研等设施。组织实施和统筹协调海洋特别保护区保护、利用和权益维护的各项活动。