负责区域地表水和海洋生态环境监管工作，拟订并监督实施区域重点海域、流域生态环境规划和水功能区划，监督指导入海（河）排污口设置。监督管理饮用水水源地生态环境保护工作。开展海洋生态环境调查评价、海洋生态保护与修复监管，监督重点海域生态环境综合治理工作。监督陆源污染物排海，负责防治海岸和海洋工程建设项目、废弃物海洋倾倒等对海洋污染损害的生态环境保护工作。

负责区域大气、噪声、光、化石能源、机动车等污染防治的监督管理。监督城市大气环境质量限期达标和改善情况。组织实施重污染天气应对政策措施。组织协调大气面源污染防治工作。承担区域大气污染联防联控组织协调工作。

负责区域土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理。组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。负责区域固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。负责区域辐射环境监管工作。监督管理核技术应用、电磁电离辐射和伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作。指导协调辐射环境质量监测和重点辐射源的监督性监测。组织开展辐射环境污染事故应急工作。

配合起草生态环境规划，协调和审核生态环境专项规划。承担工业污染源综合管理和生态环境业务综合工作，组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析。承担污染物排放总量控制以及排污权交易综合协调和管理工作。承担应对气候变化和温室气体减排工作。

承担生态环境科技工作，组织实施生态环境科技攻关和技术工程示范，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。组织开展污染源监督性监测、生态环境监测、温室气体减排监测、应急预警监测、执法监测等。组织对生态环境质量状况进行调查评估、预测预警。承担环境质量和生态状况等生态环境信息发布工作。承担生态环境领域信息化建设，推动政府数字化转型等工作。负责区域生态环境对外合作交流工作。

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作。承担排污许可综合协调和管理工作。组织实施生态环境准入清单。承担生态环境行政审批制度改革工作。承担生态环境保护行政许可、日常管理服务类事项的审批、核准、备案等工作。